Née le 30 mai 1969 à Nara, Naomi Kawase est abandonnée par ses parents et fut élevée par sa grande-tante et son grand-oncle. cette famille adoptive sera le sujet de ses premiers documentaires.  Elle étudie la photographie à l'École des Arts Visuels d'Ōsaka, dont elle obtint le diplôme en 1989, après avoir réalisé quelques courts métrages expérimentaux en 8mm et 16mm . Elle enseigne dans cette école pendant quatre ans. Elle se maria en octobre 1997 avec le producteur Takenori Sento et divorce  en mars 2000.